Keďže Záhorie patrilo do centrálneho územia Veľkomoravskej ríše, možno predpokladať, že tunajší Slovieni sa dostávali pod misijný vplyv sv. Cyrila a Metoda.
Starí Uhri, ktorí zabrali Záhorie po páde Veľkomoravskej ríše, takisto prijali kresťanstvo. Po roku 1000 bolo zriadené Ostrihomské arcibiskupstvo, do pôsobnosti ktorého spadalo aj Záhorie.
Presne sa nevie, kedy vo Veľkých Levároch vznikla fara. Prvá zmienka o nej je v Štatúte ostrihomskej kapituly z roku 1397, ktorý zaznamenáva existujúce fary v Ostrihomskej diecéze. Leváre sa tu spomínajú pod názvom Levar. Nepoznáme počiatočnú rozlohu farnosti, no možno predpokladať, že jej filiálkami boli viaceré okolité obce. Veľkolevárska farnosť patrila do archidiakonátu šaštínskeho, neskôr do archidiakonátu bratislavského. Vizitoval ju bratislavský prepošt.
Roku 1561 vizitoval veľkolevársku farnosť šaštínsky archidiakon Juraj Bornemisa. Vtedy tu bol katolícky farár Blažej. Všetky sviatosti Cirkvi vysluhoval dôstojne, aj iné cirkevné obrady zachovával a slúžil podľa predpisov a zvykov katolíckej Cirkvi. Posvätné rúcha, bohoslužobné nádoby a iné veci uchovával s úctou a v čistote. Spravoval aj Malé Leváre, Moravský Svätý Ján a Sekule. Ľud si chválil jeho mravnosť a spôsob života. Farskej budove hrozilo zrútenie.
Koncom 16. storočia sa novým zemepánom Veľkých Levár stal Siegfried Kolonič, ktorý bol protestantom. Podľa vtedajšej zásady poddaní museli prijať náboženské vyznanie svojho zemepána. Kolonič v roku 1595 zabral katolíkom kostol i faru. Podľa urbára z roku 1595 fara bola opustená. Veľké Leváre potom patrili ako filiálka do Gajar. Roku 1611 sa zriadil evanjelický farský úrad vo Veľkých Levároch. V tom istom roku vizitoval novozriadenú farnosť evanjelický biskup Izák Abrahamides Hrochotský. Vtedy farnosť ešte nemala svojho riadneho kňaza. Kostol mal len jeden kalich. Farár nemal žiadne dôchodky ani roľu. Patrila mu len lúka s názvom Mezilesy. Vo Veľkých Levároch spočiatku pôsobili len evanjelickí farári. Podľa mena sú známi títo veľkolevárski evanjelickí farári: Martin Hanko (1623 – 1659), Štefan Krotký (1660 – 1668), Juraj Johanides (1668 – 1674).
V období nástupu protestantizmu, keď bolo znemožnené pôsobenie katolíckeho farára vo Veľkých Levároch, predsa len nepravidelne tu boli alebo dochádzali aj katolícki kňazi. Svedčí o tom zápis zo 4. októbra 1629 z diecéznej synody v Trnave, kde sa bez mena ako účastník uvádza veľkolevársky farár. Zápisy vo farských matrikách, ktoré viedli evanjelickí farári od roku 1646, dosvedčujú, že počet katolíkov vo Veľkých Levároch klesol na pätinu: takmer len každý piaty obyvateľ bol pokrstený alebo pochovaný ako katolík.
Vnuk Siegfrieda Koloniča Ferdinand sa stal katolíkom a snažil sa napraviť, čo urobili jeho predkovia. Roku 1674 kostol i faru vrátil katolíkom. Potom tu dva roky nebolo farára. Veľkolevársky kostol znovu posvätil 16. mája 1676 ostrihomský arcibiskup Juraj Selepčéni-Pohronec a vtedy bola obnovená aj tunajšia katolícka farnosť, ktorej filiálkou sa stali Malé Leváre. Nástupom katolíckeho farára sa obnovil náboženský život v plnej miere a mnohí evanjelici sa vrátili do katolíckej Cirkvi.
V 17. a 18. storočí ako misionári v tunajšej farnosti pôsobili jezuiti i františkáni. 18. storočie znamenalo oživenie náboženského života. Prispela k tomu stavba nového monumentálneho farského chrámu v rokoch 1729 – 1733. Kardinál Žigmund Kolonič 14. júla 1735 zložil základinu pre kaplána farnosti. Základinu potvrdil ostrihomský arcibiskup Imrich Esterházi. 17. júla 1735 bolo vo Veľkých Levároch založené Bratstvo svätého ruženca. Od tých čias je vedená matrika členov, v ktorej ako prvý je zapísaný kardinál Žigmund Kolonič.
V druhej polovici 18. storočia sa vo Veľkých Levároch konali procesie na sviatky svätého Teoforia, svätého Floriána, svätého Marka, svätého Jána Nepomuckého a svätého Vendelína. Roku 1783 bolo vo Veľkých Levároch 1947 katolíkov, 203 evanjelikov a 19 židov. V tomto období národného obrodenia pôsobili na tunajšej fare viacerí bernolákovci, ktorí podporovali proces formovania novodobého slovenského národa.
Roku 1811 vo farnosti bolo 1550 katolíkov (+ 397 habánov), 275 evanjelikov, 35 židov. Roku 1851 tu bolo 2125 katolíkov a 321 protestantov.
Roku 1870 bol založený Spolok svätého Vojtecha v Trnave. Rok po založení tohto celonárodného katolíckeho spolku boli vo Veľkých Levároch prvými členmi farár Maximilián Jalovecký a kaplán Martin Hojič.
Koncom 19. storočia došlo k rozdeleniu rozsiahleho Ostrihomského arcibiskupstva na tri vikariáty so sídlami v Ostrihome, Budapešti a v Trnave. Veľkolevársku farnosť zaradili do Trnavského vikariátu, v rámci ktorého patrila do Malackého dekanátu.
V druhej polovici 19. storočia pôsobili v obci viacerí národne uvedomelí kňazi. Osobitný rozvoj farnosti po stránke náboženskej, kultúrnej a osvetovej nastal v čase účinkovania farára Michala Melíška, ktorý tu roku 1897 začal vydávať časopis Posol Božského Srdca Ježišovho. Už v roku 1897 boli v obci dvanásťdenné misie, na ktorých kázali známi misionári Andrej Kubina a Alojz Daubner, kňazi zo Spoločnosti Ježišovej.
Roku 1922 sa zriadila Apoštolská administratúra trnavská a farnosť vo Veľkých Levároch patrila do nej až do roku 1977, keď administratúra bola povýšená na stupeň biskupstva. Roku 1927 vo farnosti bolo 2758 obyvateľov, z toho 2327 katolíkov, 2 gréckokatolíci, 335 evanjelikov, 86 židov, 5 kalvínov a 3 osoby iného vierovyznania.
Roku 1933 sa konali oslavy dvestoročného výročia posviacky farského kostola. Oslavám predchádzali deväťdňové misie, ktoré dávali dvaja verbisti z Nitry. Slávnostnú svätú omšu slúžil národný buditeľ, prelát Andrej Hlinka. Vtedy sa v obci konalo župné orolské cvičenie a ľudové zhromaždenie pred kostolom. Vládne úrady z obavy pred Hlinkom, vodcom Slovákov za autonómiu, pripravili do Levár vyše sto žandárov, ale nevyskytla sa príčina pre ich zákrok.
Roku 1936 cirkevná obec odkúpila pozemok so starým domom na výhodnom mieste na stavbu katolíckeho domu, ktorý mal slúžiť spolkovej činnosti. Pozemok bol odpredaný roku 1947.
Roku 1943 na sviatok Nepoškvrneného počatia Panny Márie farnosť sa zasvätila Nepoškvrnenému Srdcu Panny Márie.
Roku 1947 vo farnosti bolo 2448 katolíkov, 302 evanjelikov, 1 žid a 6 osôb iných vierovyznaní.
Duchovným oživením farnosti bolo vysluhovanie sviatosti birmovania v rokoch 1905 (Medard Kohl), 1923, 1933 (Pavol Jantausch), 1943 (Michal Buzalka), ako aj ľudové misie v rokoch 1920 (redemptoristi), 1924 (Alojz Bernhauser a Libor Mattoška, OFM), 1933, 1935 (verbisti), 1946 (redemptoristi).
Po roku 1948 nastalo obdobie protináboženského tlaku, ktorý negatívne ovplynil život veriacich. Boli zrušené náboženské spolky.
Birmovky vo farnosti sa konali v rokoch 1949 (Michal Buzalka), 1954, 1959 (Ambróz Lazík), 1975 (Július Gábriš), 1989, 1994 (Ján Sokol).
V roku 1960 boli zriadené nové kraje a okresy, ktorým sa prispôsobilo aj cirkevné administratívne rozdelenie. Veľkolevárska farnosť bola zaradená do okresného dekanátu so sídlom v Senici.
V nových spoločensko-politických podmienkach po roku 1989 nastalo určité oživenie v živote farnosti. Zriadila sa farská rada, začalo sa s opravami cirkevných objektov, vytvoril sa spevokol dospelých i mládežnícky spevokol, spolu s miestnymi evanjelikmi sa uskutočnili ekumenické pobožnosti za zjednotenie kresťanov, rozrástol sa počet svätých prijímaní, podnikajú sa farské púte. Roku 1992 bola založená v obci pobočka Katolíckej jednoty Slovenska. Roku 1944 sa začal vydávať farský časopis pod názvom Smäd.
Roku 1990 Veľké Leváre nadviazali kontakty s veriacimi v susedných rakúskych obciach Jedenspeigen a Drösing. Farnosť Jedenspeigen na pamiatku návštevy svätého otca Jána Pavla II. vo Viedni roku 1983 postavila kaplnku (Papstkapelle) na viniciach vyvýšených nad údolím rieky Moravy, odkiaľ vidno veľkolevársky kostol. Od návštevy svätého otca celá farnosť i dekanát každú 5. pôstnu nedeľu cestou do kaplnky koná krížovú cestu. Obetujú ju za prenasledovanú Cirkev na celom svete. V rokoch našej neslobody sa výslovne modlili i za nás. Od roku 1990 sa Veľkolevárčania zúčastňujú na tejto krížovej ceste.
11. a 12. septembra 1993 si veriaci vo Veľkých Levároch pripomenuli 260. výročie posviacky farského chrámu. V nedeľu slávnostnú svätú omšu slúžil trnavský arcibiskup Ján Sokol za účasti desiatich kňazov zo Slovenska, Rakúska a Poľska, ako aj miestneho evanjelického kňaza. K tomuto výročiu vyšla pamätnica s názvom 260 rokov kostola vo Veľkých Levároch. Jej zostavovateľ Imrich Dočolomanský objasňuje historické súvislosti vzniku kostola a podáva umelecko-historickú charakteristiku stavby i zariadenia.
V júli 1993 na veľkolevársku faru nastúpili poľskí kňazi z Kongregácie zmŕtvychvstania nášho Pána Ježiša Krista (CR = Congregatio a Resurrectione) Gregor Wisniewski CR a Jaroslav Kinka CR. V septembri k nim pribudol diakon Edward Zakowicz CR, ktorý študoval na Gregorovej univerzite v Ríme. V sobotu 19. februára 1994 vo veľkolevárskom kostole sa konala jeho kňazská vysviacka, ktorú prijal z rúk biskupa Dominika Hrušovského. Na žiadosť poľského provinciála zriadil sa vo Veľkých Levároch prvý rehoľný dom zmŕtvychvstalcov na Slovensku. Kogregácia vznikla roku 1836 v Paríži pod vedením zakladateľa Bohdana Jaňského. Po smrti zakladateľa roku 1840 jeho žiaci pod vedením spoluzakladateľov kongregácie Petra Semenenského a Hieronyma Kajsieviča žili v spoločenstve. Na Veľkonočnú nedeľu v roku 1842 zložili svoje prvé rehoľné sľuby v katakombách svätého Šebastiána v Ríme, zasvätiac sa tak zmŕtvychvstalému Spasiteľovi, podľa čoho majú svoj názov.